L’ouverture à Besançon du premier cimetière commun au « Champ Brulley », qui déplait fortement à la population en raison de conditions d’inhumation insatisfaisantes, participe au développement du cimetière de Saint-Ferjeux. De nombreux Bisontins demandent en effet à y être enterrés.
L'origine du cimetière est incertaine (peut-être 1867) ; cependant sa création ne dépendait pas de la réédification de la basilique Saint-Ferjeux, puisqu'elle fut bâtie de 1884 à 1901 et que plusieurs sépultures sont bien plus anciennes.
Le cimetière paroissial originel s’élevait devant l’église, mais il est une première fois étendu au nord dès le début du XIXe siècle avant d’être encore agrandi au cours du siècle suivant.