Un premier cimetière est créé lors de la construction en 1725 d’une chapelle, succursale de la paroisse-mère Notre-Dame, rendue nécessaire par le développement du quartier du Parc-aux-Cerfs et bientôt érigée en paroisse indépendante sous le vocable de Saint-Louis. Situé dans un terrain humide, mal drainé, avec de nombreux puits, à l’emplacement des 47-49 rue de Satory (15 rue du Maréchal-Joffre), il est rapidement entouré d’habitations nouvelles et devient vite insuffisant.
Après l’arrêt du Parlement de Paris (1765) interdisant les inhumations dans l’enceinte des villes pour cause de salubrité publique, plusieurs pétitions et mémoires d’habitants voisins, le Conseil du roi ordonne le 24 février 1769 sa translation dans un lieu plus éloigné, aux confins du quartier, sur son site actuel. Il s’agit alors de la première opération de ce genre en France et l’exemple versaillais sera suivi par plusieurs autres villes avant de se généraliser. Ce second cimetière est établi en 1770 sur un terrain de cent-quatrevingt perches pris sur le bois de Satory donné par le roi Louis XV à la paroisse Saint-Louis et situé à proximité de la rue des Rossignols (rue Monseigneur-Gibier). En 1788, on procède au transfert des dernières sépultures de l‘ancien cimetière.
En contradiction avec le décret du 23 prairial an XII, le cimetière Saint-Louis, comme par ailleurs celui de Notre-Dame, est longtemps resté sous l’administration de la Fabrique comme bien paroissial, source de nombreux différends avec la Ville jusqu’en 1843 sur la question de sa propriété, malgré son incorporation au domaine communal en 1831.
Il est successivement agrandi par la Ville en 1850, avec l’acquisition d’une parcelle du domaine de l’Etat sur le bois de Satory (78 ares) puis l’achat en 1864 d’une maison et dépendances de 1500 m² permettant d’élargir le passage conduisant de la rue des Rossignols à l’entrée du cimetière, avant la reconstruction en 1884 de la maison du conservateur. Dans l’impossibilité de l’agrandir à nouveau, enclavé entre la ligne de chemin de fer et les constructions voisines, il est exclusivement réservé en 1897 aux inhumations et concessions perpétuelles et temporaires comme celui de Notre-Dame.
Entre 1979 et 1982, une importante opération de reprise des concessions perpétuelles abandonnées ou en état de ruine est mise en chantier, en lien avec la décision de construction d’un ossuaire pour accueillir les restes mortels.
Elle concerne quelque 541 sépultures dont la liste nominative et la localisation par canton est établie. En amont, le maire André Damien avait sollicité les Archives départementales des Yvelines
(Conservation des antiquités et objets d’art) pour réaliser un inventaire des sépultures présentant un intérêt historique ou architectural, avec campagne photographique à l’appui.